Otizm, Zihinsel Özel Gereksinimler ve Nadir Hastalıklar Dairesi’nin görevleri şunlardır:
a) Otizm, zihinsel özel gereksinimler ve nadir hastalıklarla ilgili farkındalık çalışmaları yapmak, tarama çalışmaları konusunda alt yapı oluşturmak,
b) Otizm, zihinsel özel gereksinimler ve nadir hastalıkları olan bireylerin sağlık sisteminde yaşadığı sorunları tespit etmek ve bu sorunlarla ilgili çözümler üretmek,
c) Otizm, zihinsel özel gereksinimler ve nadir hastalıklarla ilgili hizmet standartlarını belirlemek ve bu standartları geliştirmek,
ç) Otizm, zihinsel özel gereksinimler ve nadir hastalıklarla ilgili uygulama rehberlerini oluşturmak ve güncellemeler yapmak,
d) Otizm, zihinsel özel gereksinimler ve nadir hastalıklarla ilgili teknik düzenlemeler yapmak ve izlemek,
e) Otizm, zihinsel özel gereksinimler ve nadir hastalıklarla ilgili ulusal ve uluslararası kurum ve kuruluşlarla iş birliği yapmak,
f) Otizm, zihinsel özel gereksinimler ve nadir hastalıklarla ilgili sağlık hizmetine erişimini kolaylaştırmaya yönelik çalışmalar yapmak,
g) Otizm, zihinsel özel gereksinimler ve nadir hastalıklarla ilgili ulusal kayıt sistemini kurmak, verileri toplamak ve elde edilen verileri analiz etmek,
ğ) Otizm, zihinsel özel gereksinimler ve nadir hastalıklarla ilgili bilimsel çalışmalara zemin oluşturmak ve yapılan çalışmaları desteklemek,
h) Otizm, zihinsel özel gereksinimler ve nadir hastalıklarla ilgili kurulacak enstitü, mükemmeliyet merkezi vb. ileri merkezler konusunda çalışmalar yapmak,
ı) Genel Müdür tarafından verilen diğer görevleri yapmak.